藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析

作者：董世雄; 王浩田; 姚雨民; 徐士军; 王向东; **; 商鹏^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2022, (04): 35-134.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2021.05.0037

• 藏猪
• 大约克夏猪
• Mx1基因
• 单核苷酸多态性
• 生物信息学
• 磷酸化位点
• 编码序列

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性，试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物，采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区，测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用，分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点，在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点；其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变，分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸，第308位由谷氨酸变为丙氨酸，第414位由赖氨酸变为精氨酸；C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸，编码蛋白质呈酸性、亲水性，二级结构以α螺旋为主；共有55个磷酸化位点，其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点，13个苏氨酸(Thr)磷酸化位点，5个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点；与干扰素刺激基因15(interferon stimulated exonuclease gene15,ISG15)、泛素特异性肽酶18(ubiquitin specific peptidase 18,USP18)、DDX解旋酶58(DEAD-box helicase58,DDX58)、真核翻译起始因子2α激酶2(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha kinase 2,EIF2AK2)、干扰素诱导的GTP结合蛋白2(myxovirus resistance dynamin like GTPase 2,Mx2)、结构域包含蛋白5(HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 5,HERC5)、2′,5′-寡腺苷酸合成酶1(2′,5′-oligoadenylate synthetase 1,OAS1)、Janus激酶1(JAK1)、cub2结构域蛋白(IRG6)、OAS样蛋白(OASL)存在互作关系。Mx1基因CDS的SNPs导致的氨基酸变化只引起蛋白质的二级结构、疏水性和磷酸化位点发生改变，没有改变其三级结构。说明Mx1基因编码蛋白依旧发挥原始功能。

• 单位
  西藏农牧学院; 动物科学学院