使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

作者：韦怡林; 张力戈; 张松源; 詹凤婷; 李秀领; 乔瑞敏; 韩雪蕾; 李新建; **君^*

来源：中国畜牧杂志, 2022, 58(08): 113-120.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20220609-06

• 猪
• 全基因组关联分析
• Meta-GWAS分析
• 甘油三酯

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因，为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1 256头猪的数据，并运用FarmCPU模型对1 256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示：共检测到32个与TG含量相关的SNP位点，其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10-5)，二花脸猪中有8个(P<1.8×10-5),DLY中有18个(P<1.8×10-5);Meta-GWAS分析结果显示：发现2个与TG含量相关的新SNP位点；并利用Ensembl数据库，在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定，一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因，其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP；在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5；在DLY中发现的基因为DMRTA1、RPS6、TPP2、TEX36。本实验结果将会为解析猪的生长发育以及调控猪的TG含量提供思路。

• 单位
  动物科技学院; 河南农业大学