基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发

作者：刁雨辰; 李沛欣; 郭凤根^*; 王仕玉; 李娟

来源：分子植物育种, 2019, 17(22): 7428-7432.

DOI：10.13271/j.mpb.017.007428

• 岩白菜(Bergenia purpurascens)
• 转录组
• SSR位点特征
• SSR引物开发

本研究对岩白菜转录组测序获得的94 755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10 237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9 001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。

• 单位
  云南农业大学