哮喘患者上气道基因表达谱芯片的生物信息学分析

作者：李琦; 李海霞; 王梅芳; 唐以军^*

来源：湖北医药学院学报, 2020, 39(02): 118-138.

DOI：10.13819/j.issn.2096-708X.2020.02.004

• 哮喘
• 分子机制
• 差异表达基因
• 生物信息学

目的:应用生物信息学方法对哮喘患者上气道基因表达谱芯片进行分析,进一步探讨其可能的发病机制。方法:从GEO(Gene expressionomnibus)数据库下载哮喘表达谱的芯片数据(GSE41861),利用R语言Limma软件包筛选哮喘患者与非哮喘患者鼻黏膜的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对差异基因作基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)分析,并用Cytoscape软件及其插件NetworkAnalyzer进行可视化,寻找关键(Hub)基因。结果:共筛选出118个差异基因,其中包括93个上调基因和25个下调基因。对差异基因进行生物信息学分析,上调DEGs主要参与唾液分泌相关通路和结核相关通路,下调DEGs主要参与TGF-β相关信号通路。蛋白网络分析筛选出CDC5L、AR和ACTR2 3个degree得分>10的关键基因。结论:CDC5L、AR、ACTR2可能在哮喘的发生发展中起着重要作用,为研究哮喘的发病机制提供了新的策略。

• 单位
  十堰市太和医院; 湖北医药学院; 基础医学院