1株2019年西双版纳流行登革热1型病毒全基因组序列分析

作者：孟锦昕; 胡秋明; 李楠; 何于雯; 王静林^*

来源：中国热带医学, 2023, 1-10.

• 登革热
• 登革热1型病毒
• 遗传进化
• 全基因组序列分析

目的 了解2019年西双版纳暴发登革热主要流行血清型登革热1型病毒（DENV-1）分子特征，为当地登革热流行的预防控制提供依据。方法在C6/36细胞上对1株从2019年西双版纳发热病人血液中分离到的DENV-1病毒（JHS45）进行复壮，采用二代测序的方法对该株病毒进行测序，采用CLC等生物信息学软件对测序数据组装，使用Lasergene软件、MEGA6.1等进行序列比对、系统进化树构建及氨基酸位点分析。结果JHS45在C6/36细胞上6天出现细胞病变。测序组装后获得JHS45株病毒一条10 687个核苷酸（nt）长序列（GeneBank登录号：OR593353）。遗传进化分析结果JHS45株病毒与我国与2019年西双版纳、广州、河南、浙江流行的以及2013年泰国流行的DENV-1基因型I病毒形成一个进化分枝，核苷酸同源性为97.6%～99.9%，氨基酸同源性为99.1%～100%；分析发现与2019年云南西双版纳（MW386863）和广州（MW261839）流行的DENV-1基因型I病毒位于同一个较小的进化分枝，它们之间同源性最高，核苷酸同源性均为99.9%，氨基酸同源性均为和100%；JHS45毒株与2015年以来西双版纳流行的DENV-1进行氨基酸差异位点分析，在JHS45株病毒编码区共存在40个氨基酸差异位点，主要集中在非结构蛋白的NS3区域和NS5区域。结论全基因序列分析结果显示JHS45株病毒为DENV-1基因型I病毒，该次西双版纳登革热疫情与西双版纳、广州、河南、浙江流行的病毒株遗传进化关系比较密切，为云南省乃至我国的登革热疫情监测、病毒进化研究以及防控策略制定提供科学依据。

• 单位
  云南省畜牧兽医科学院