间充质干细胞成骨分化早期染色质开放区域的动态变化

作者：刘建云; 张杰; 马百成; 吴萍; 熊建军^*

来源：中国病理生理杂志, 2020, 36(11): 2037-2042.

• 间充质干细胞
• 成骨分化
• ATAC-seq
• 生物信息学

目的:在全基因组水平观察骨髓间充质干细胞(MSCs)成骨分化早期染色质开放区域的动态变化。方法:原代培养人骨髓MSCs至第6代,成骨诱导剂分别刺激0、3、5和7 d。收集各组细胞,运用ATAC-seq技术(基于高通量测序的转座酶可接近染色质分析)检测染色质开放区域,并对各组间染色质开放区域数量、开放区域的DNA基序以及邻近基因功能进行生物信息学分析。结果:在MSCs成骨定向分化早期的不同时点,细胞染色质开放区域数量发生显著动态变化;各组功能性区域peak分布主要富集在转录起始点附近;motif分析显示各组细胞间参与转录调控的活化DNA发生细微改变;新增染色质开放区域的生物学过程主要集中在各种GTP酶活性的调节、细胞外基质组成、Wnt信号通路等;而新增的基因显著性富集信号通路主要集中在Rap1信号通路、黏着斑、黏着连接等。结论:在骨髓MSCs成骨定向分化早期,各时段的染色质开放区域发生了显著的特征性改变。

• 单位
  基础医学院; 九江学院