基因组畸变相关基因特征预测神经母细胞瘤预后

作者：何晓燕; 秦朝; 赵言鼎; 邹琳; 赵辉; 程超^*

来源：癌症, 2020, 39(11): 509-523.

• 染色体畸变
• 基因表达谱
• MYCN基因
• 神经母细胞瘤
• 预后
• 生存分析

背景与目的神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)是一种异质性疾病,伴有基因组畸变,且临床表现呈多样性。虽然我们对遗传畸变与临床特征之间的关系已有所了解,但对患者的预后预测和制订个体化治疗策略仍是挑战。本研究旨在建立一种有效的NB患者预后预测模型。方法我们整合了多种不同算法定义基因特征,反映MYCN活性和染色体畸变,包括染色体1p缺失(deletion of chromosome1p,Chr1pdel)、染色体11q缺失(deletionofchromosome11q,Chr11qdel)以及染色体11q全部丢失(whole loss of chromosome 11q,Chr11qwls)。我们评估了由RNA测序和微阵列平台产生的7个NB基因表达数据集(样本量从94到498,共2120)中这些基因特征的预后预测价值。结果 MYCN活性评分是比MYCN扩增状态和表达更有效的预后标志物。同样,Chr1pdel评分是比Chr1p状态更好的预后标志物。MYCN、Chr1pdel和Chr11qdel的活性评分与预后不良相关,而Chr11qwls评分与预后良好相关。我们整合MYCN、Chr1pdel、Chr11qdel和Chr11qwls评分以及临床变量建立综合预测模型,该模型对NB预后预测效果比单独应用临床变量或每个基因组畸变更佳。结论加入了基因特征的预后预测模型显著提高了预测效果,可作为对NB患者进行分层以评估预后的生物标志物。

• 单位
  重庆医科大学附属儿童医院; 北京交通大学