我国海洋保护区制度在地域规划、功能分类以及治理模式等方面存在着较大缺陷,应予进一步完善。在地域上,应推进建设南海海洋保护区,并在我国专属经济区内构建更多的海洋保护区。在功能上,应借鉴美国NOAA的分类标准,区分生物与非生物资源并实施不同的保护水准和保护措施。在治理模式上,应弱化目前的政府管制型治理模式,强化自愿性尤其是共管型治理模式,推进政府与社会公众的管理分享。