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摘要
背景与目的:YTH基因家族的所有成员都属于m6A阅读蛋白,负责参与肿瘤发生发展过程中的甲基化调控。然而,YTH基因家族在肝癌中的表达情况和具体作用仍有待进一步阐明。本文旨在通过生物信息学方法探究YTH家族成员在肝癌中的表达与预后价值,及其与免疫浸润及相关功能的关系。方法:用UALCAN数据库分析YTH基因家族在肝癌及其亚组中的表达差异。采用Kaplan-Meier plotter数据库分析YTH基因家族在肝癌中的预后价值。使用c Bio Portal数据库进行YTH基因家族的共表达谱和遗传学变异分析。通过Web Gestalt数据库进行YTH基因家族的功能和通路富集分析。YTH基因家族与肝癌中的免疫细胞浸润的相关性分析采用TIMER 2.0数据库完成。结果:肝癌中YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3的m RNA表达均较正常肝组织明显升高,并与临床TNM分期及肿瘤分级密切相关,其在1、2、3期/级中表达逐级升高,而在4期/级中表达水平下降。预后分析显示,YTHDF1和YTHDF2的高表达均与患者更短的总生存期(OS)和无复发生存期(RFS)明显相关。TCGA数据库和c Bio Portal工具分析显示,YTHDF3基因变异率为25%,是YTH家族中最高的。GO功能富集分析显示YTH基因家族的主要癌症相关功能指向代谢及生物合成分解方向,尤其是激素代谢、固醇类代谢、脂代谢、药物分解代谢等。通过TIMER 2.0数据库分析多数YTH家族成员的表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、B细胞、中性粒细胞以及树突细胞的浸润呈正相关,与巨噬细胞浸润呈负相关。结论:YTH基因家族在肝癌中存在分子和表达谱的失调。YTH基因家族成员(尤其是YTHDF1和YTHDF2)是肝癌潜在的预后标志物和新的治疗靶点,这些发现可为肝癌机制与靶向治疗的研究提供新的途径。
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