外胚层发育不良患者基因突变分析及功能验证

作者：赵凯; 喻康; 王凤; 黄伟; 孙媛元^*; 吴轶群^*

来源：上海口腔医学, 2019, 28(03): 268-274.

DOI：10.19439/j.sjos.2019.03.009

• 外胚层发育不良
• 全外显子测序
• NF-κB通路
• 功能验证

目的:寻找先天性外胚层发育不良(ectodermal dysplasia, ED)可能致病的基因突变并进行功能验证。方法:收集8例ED患者血液样本并进行基因组抽提,利用全外显子测序(whole-exome sequencing,WES)对患者基因组DNA进行高通量测序。对测序结果进行质量控制,确保质检合格后,从中筛选可能的致病基因突变。利用软件对筛选的基因突变致病性进行预测,利用免疫荧光实验及双荧光素酶实验对基因突变致病性进行功能验证。结果:所有样本全外显子测序有效率(effective rate)均为97.5%以上,错误率(error rate)均小于0.03%,Q20所占比例大于97.0%,目标区域的平均测序深度均为90×以上,提示测序数据质量良好。经筛选后,共发现3个可能致病的EDA基因点突变:c.959A>G,c.1073A>G,c.1001G>A,数据库比对显示其均为罕见变异,软件预测均为致病性突变。免疫荧光实验发现3个EDA突变可导致p65蛋白核移位减少,双荧光素酶实验进一步表明3个EDA突变可导致NF-κB通路活性降低。结论:本研究利用全外显子测序在ED患者基因组中发现了EDA突变,并对突变致病基因进行了功能验证,为进一步理解ED的发病机制提供了依据。

• 单位
  上海市口腔医学研究所; 上海交通大学医学院附属第九人民医院