科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的 基于生物信息学分析肾透明细胞癌（KIRC）中植物同源结构域指蛋白6(PHF6)的表达及临床意义，进而推断PHF6在KIRC中的作用。方法 通过癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载535例KIRC组织及72例正常肾组织的表达数据和临床数据，从基因型-组织表达（GTEx）数据库下载28例正常肾组织的表达数据和临床数据。比较TCGA、GTEx数据库中正常肾组织与KIRC组织中PHF6的表达情况，并比较不同临床特征KIRC患者KIRC组织中PHF6的表达情况。依据PHF6表达水平的中位数，将TCGA数据库中535例KIRC患者分为PHF6高表达组和PHF6低表达组，比较两组患者的总生存期（OS）、无进展生存期（PFS）、疾病特异性生存期（DSS）。对PHF6高表达组和PHF6低表达组差异表达的基因进行基因本位（GO）分析，并对PHF6高表达组的基因进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析；选取相关基因进行相关性分析，并通过免疫组化法验证PHF6表达与核糖体蛋白S6激酶A6(RSK4)表达的相关性。结果 与正常肾组织相比，PHF6在KIRC组织中表达下调，PHF6高表达组KIRC患者的中位OS、PFS、DSS均长于PHF6低表达组（P﹤0.05）。通过GO分析可知，差异基因主要集中于体液免疫应答和补体激活等生物学过程，免疫球蛋白复合物和血液微粒等细胞成分，抗原结合、糖胺聚糖结合和硫化合物结合等分子功能上；通过KEGG通路分析可知，PHF6高表达的信号通路中与免疫相关的信号通路活化。相关性分析结果显示，如肌醇1,4,5-三磷酸2型受体（ITPR2）、磷脂酶A2组ⅣA(PLA2G4A)、前列腺素F受体（PTGFR）、RSK4均与PHF6的表达呈正相关（r=0.52、0.34、0.50、0.42,P﹤0.01）。免疫组化结果显示，RSK4蛋白的表达与PHF6蛋白的表达呈正相关（r=0.557,P﹤0.01）。结论 与正常肾组织相比，PHF6在KIRC组织中表达下调，PHF6高表达KIRC患者的预后较好，RSK4的表达与PHF6的表达呈正相关。可以根据PHF6的表达水平，对KIRC患者进行干预，有必要将其作为KIRC的候选生物标志物。
- 单位
