基于全长转录组测序的南京椴EST-SSR标记开发

作者：岳远灏; 严灵君; 黄犀; 王欢利; 汤诗杰

来源：分子植物育种, 2022, 1-8.

• 南京椴
• 转录组
• EST-SSR
• 引物开发

为进一步推动椴树属植物在基因组水平上的遗传多样性分析和种质资源保护，本研究基于南京椴全长转录组测序进行EST-SSR标记开发。南京椴转录组测序共获得62 212条Unigenes，总长度为138791665 bp，共检测到42 098个SSR位点。SSR平均分布距离为3.30 kb，出现频率达67.69%。单、二、三核苷酸重复分别占比48.36%，13.70%和12.74%，共计95.53%。序列长度为10 bp的SSR共6 730个，占比20.4%，12～19 bp和≥ 20 bp的SSR占比分别为50.80%和15.32%。转录组中共存在182种重复，A/T是最主要的重复基元，占SSR总数的69.09%，二核苷酸重复中AG/CT和AT/AT分别占比8.81%和4.11%；AAG/CTT为三核苷酸重复中的优势重复类型，占比3.84%。随机选取746个SSR位点，进行引物的设计及筛选并获得27对多态性较高的引物，等位基因数均值为4.925 9，基因多样性均值为0.736 2，PIC值均值为0.6940。本研究建立了南京椴SSR标记数据库资源，填补了椴树属共显标记的空白，在椴树属在基因水平上的多样性分析及辅助育种等方面具有重要参考价值。

• 单位
  江苏省中国科学院植物研究所