SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

作者：李隐侠; 牙生江·那斯尔; 赛里克·都曼; 钱勇^*; 曹少先; 王伟列; 孟春花; 张俊; 张建丽

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(02): 572-583.

• 柯尔克孜羊
• SNPs芯片
• 遗传多样性
• 遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构，有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控，计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率，分析群体的遗传多样性；Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数FROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵，解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系；使用Mega X软件构建种公羊进化树，分析群体家系结构。结果显示，61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记，通过质检的SNPs为56 763个；平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0.263±0.147。柯尔克孜羊群平均IBS遗传距离为0.294,G矩阵和IBS距离矩阵结果均表明柯尔克孜羊群个体间亲缘关系较远。61只柯尔克孜羊共检测到200个ROHs, 67.5%的ROHs长度在1～5 Mb之间，56只柯尔克孜羊ROH长度在0～50 Mb之间。基于ROH的平均近交系数为0.008 19±0.018 8,其中公羊平均近交系数为0.004 65±0.008,说明柯尔克孜羊群体的近交程度较低。进化树结果表明，柯尔克孜羊群目前有25个家系，大部分家系公羊数量太少。综上所述，SNP芯片评估柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构，发现柯尔克孜羊群体遗传多样性较丰富，群体内近交程度低，虽然家系较多，但是每个家系种公羊数量太少，需要加强种公羊的后代选育，避免血统流失。

• 单位
  江苏省农业科学院