用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用

作者：陈昕昶; 陈嘉臻; 张文宏^*

来源：微生物与感染, 2018, 13(06): 342-349.

• 结核分枝杆菌
• 泛耐药结核分枝杆菌
• 全基因组测序
• 可变数目串联重复序列分型
• 基因型

近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9+3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为40.0%,特异度为77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDRTB,有待进一步研究。

• 单位
  复旦大学附属华山医院