朝仓花椒DIR基因家族的鉴定及分析

作者：陈炳竹; 王润英; 赵懿琛^*; 赵德刚

来源：山地农业生物学报, 2020, 39(02): 21-26.

DOI：10.15958/j.cnki.sdnyswxb.2020.02.003

• 朝仓花椒
• DIR基因家族
• 生信分析

本研究通过NCBI的BLAST比对分析,最终从朝仓花椒转录组数据库筛选出28条朝仓花椒Dirigent(DIR)蛋白家族的编码基因序列。利用MEGA、MEME、DNAMAN等软件对该蛋白家族进行生物信息学分析,结果显示:从朝仓花椒转录组中获得的28个DIR基因,经过鉴定,在进化上分为6个小组,每个小组的基因数量分别为7、5、1、0、5、10。该家族的蛋白等电点均小于7,均偏酸性,且多数属于稳定蛋白。多基因序列比对比发现,该家族蛋白均具有一个高保守性的DIR结构域。空间结构的分析预测ZpDIR蛋白多为多链线性折叠卷曲蛋白,且以线性无链非规则多链卷曲蛋白为主。

• 单位
  农业部; 生命科学学院; 贵州大学; 贵州省农业科学院