猪圆环病毒3型河北株全基因组序列特征和遗传进化分析

作者：王承玉; 李杰峰; 赵志强; 段宝宁; 杨威^*; 马玉忠^*

来源：甘肃农业大学学报, 2020, 55(01): 35-44.

DOI：10.13432/j.cnki.jgsau.2020.01.006

• PCV3
• 全基因组
• 序列特征
• 遗传进化分析

【目的】扩增猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列,对其进行序列特征及遗传进化分析.【方法】以PCV3阳性样品为模板,利用两对引物扩增全基因组片段并测序,通过DNA Star和MEGA-X软件进行遗传进化分析.【结果】发现1株新PCV3毒株(GenBank登录号:MK105924),PCV3 Cap蛋白为3b亚型,与河北省9株PCV3 Cap蛋白的同源性在97.8%～99.8%;所获得的PCV3与PCV1和PCV2全基因组序列的同源性均小于50%,遗传进化树分析3种PCV处于不同的分支,表明其属于不同的基因型;与国内外其他43株PCV3全基因组序列的同源性在98.7%～99.3%,其中与俄罗斯PCV3毒株(GenBank登录号:MG679916)的同源性最高,为99.3%,表明不同PCV3毒株之间的全基因组序列的同源性很高,尚未发现明显的变异;与GenBank上已发表的全部国内外174株PCV3的全基因组序列进行遗传进化树分析,发现全球PCV3及其亚型的分布有地域的差异.【结论】获得1株新PCV3毒株,其与PCV1、PCV2属于不同的基因型;不同PCV3毒株之间存在着较高的同源性;全球PCV3及其亚型的分布与地域有一定的关系.

• 单位
  河北省畜牧兽医研究所; 河北农业大学