结球甘蓝SET基因家族鉴定与表达分析

作者:王丽芳; 潘飞; 宋江华*
来源:安徽农业大学学报, 2022, 49(03): 424-431.
DOI:10.13610/j.cnki.1672-352x.20220705.014

摘要

植物SET基因是一类含有SET结构域的高度保守的基因家族,参与调控植物多种生命过程。为探讨结球甘蓝SET基因家族及其表达情况,采用生物信息学方法对SET基因家族进行鉴定,并利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)和半定量PCR(RT-PCR)对SET基因在不同组织中的表达模式进行分析。结果鉴定出28个结球甘蓝SET基因,它们不均匀分布在除1号染色体外的其他8条染色体上,编码蛋白的相对分子质量在29.20~185.16 kDa之间,预测等电点在5.02~9.06之间。基因结构分析表明结球甘蓝SET基因有0~23个内含子。系统进化分析将该家族成员分为7个亚族,其中第Ⅱ和第Ⅴ亚家族成员最多。在7个亚家族中,每个家族挑选1个基因,q RT-PCR结果显示选取的7个SET基因在结球甘蓝的叶片中不表达,而在根、茎、花蕾和花中均有表达,其中花蕾中表达量较高,进一步RT-PCR检测发现其在花粉母细胞时期高度表达。对结球甘蓝SET基因家族进行了鉴定,分析其进化关系和表达模式,可为深入研究该家族基因功能奠定一定的理论基础。

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