新疆阿拉沟锰矿赋存于晚古生代泥盆纪晚世天格尔组第二亚组(D3tb)硅质岩中,矿体呈层状、似层状产出,矿石为黑褐色、黑色含锰碎裂岩。矿化蚀变主要有赤铁矿化、硅化、软锰矿化、褐铁矿化等。综合研究该区的区域地质、矿体特征、矿石矿物等,对矿床成因类型进行了分析,该区的矿床成因类型为浅海相沉积型锰矿床,建立了找矿标志。