澜沧江中上游光唇裂腹鱼四个地理群体遗传多样性分析

作者：金方彭; 李光华^*; 冷云; 吴俊颉; 左鹏翔; 雷春云

来源：水生生物学报, 2021, 45(01): 60-68.

DOI：10.7541/2021.2019.253

• 光唇裂腹鱼
• 简化基因组
• SNP信息
• 遗传多样性

利用简化基因组测序对澜沧江中上游的苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区、里底江段和乌弄龙江段4个地理群体60个光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus Tsao)样本进行了简化基因组测序,平均测序深度255.26X, Q30为94.96%,平均GC含量为39.80%;测序获得多态性SLAF标签252623个, SNP标记1151083个,其中, SNP平均完整度为36.66%, SNP平均杂合率为9.5%;通过测序结果进行遗传多样性分析,结果表明,观测等位基因数均为2,平均期望等位基因数为1.4211—1.5029,平均观测杂合度为0.2381—0.3131,平均期望杂合度为0.2690—0.3115,平均多样性指数为0.2868—03248,平均香浓指数为0.4269—0.481,平均次要基因频率(MAF)为0.1854—0.2216,平均多态信息含量(PIC)为0.2237—0.2553; AMOVA分析结果显示,在总的变异中,89.73%的遗传变异来自群体内部, 10.27%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化指数在–0.0150—0.1299(P<0.05),表明群体间存在不同程度的分化。4个群体间遗传距离为0.05—0.15, UPGMA聚类表明,苗尾-功果桥库区、黄登-大华桥库区和里底3个地理群体相互交叉聚类,乌弄龙地理群体单独聚为一类。综上,4个群体的遗传多样性处于中等水平,遗传距离及聚类结果与试验群体地理距离基本相符,研究结果将为光唇裂腹鱼种质资源评价与保护提供参考依据。

• 单位
  云南省渔业科学研究院