胰蛋白酶定向固定化亲和配基的理性设计

作者：白姝; 周荣; 刘夫锋

来源：Acta Physico - Chimica Sinica, 2013, (02): 439-448.

• 酶催化
• 亲和配基
• 分子对接
• 分子动力学模拟
• 定向固定化 Enzyme catalysis
• Affinity ligand
• Molecular docking
• Molecular dynamics simulation
• Oriented immobilization

在胰蛋白酶三维(3D)结构的基础上,首先利用分子对接从ZINC数据库中筛选获得了与胰蛋白酶具有较高亲和性的小分子配基2-硝基苯基-β-D-葡糖苷,并分析了该配基与蛋白质之间的相互作用力主要为范德华和氢键相互作用.并利用分子动力学模拟进一步验证了2-硝基苯基-β-D-葡糖苷与胰蛋白酶之间具有较强的亲和作用.分子动力学(MD)模拟结果表明,配基-目标蛋白质之间形成稳定的复合物且它们之间的距离基本没有变化.此外,一个水分子通过氢键在配基和目标蛋白质的结合腔之间架桥.最后制备了偶联有该配基的亲和载体,进行了胰蛋白酶的定向固定化,并考察了该固定化酶的活性.研究结果表明,利用修饰2-硝基苯基-β-D-葡糖...

• 单位
  天津大学