近年我国部分省份PEDV流行毒株S基因及编码蛋白变异分析

作者：罗天霞; 苏丹萍; 熊景峰; 徐帅飞; 贺东生^*

来源：中国兽医学报, 2018, 38(08): 1457-1462.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2018.08.01

• 猪流行性腹泻病毒
• S基因
• 序列分析

为了解当前猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)在我国部分省份的发病情况以及猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的分子特征和遗传变异情况,本研究从山西、湖北、辽宁、江西、广东5个省份的部分猪场采集疑似PED症状的样品60份,利用RT-PCR方法对其进行PEDV检测。筛选其中的PEDV阳性毒株,利用分段克隆测序的方法获得其PEDV S基因全序列,并利用生物信息学方法对其进行分析。结果表明,PEDV检出率为61.7%;筛选的13株毒株S基因核苷酸同源性为96.6%99.8%,与2010年以前我国分离株的同源性为92.6%95.5%,与2010年以后我国分离株的同源性为93.8%99.4%,与美韩毒株的同源性为93.8%99.0%,与疫苗株的同源性为92.1%98.1%;13株S蛋白氨基酸序列与疫苗株CV777氨基酸序列相比存在75个相同突变位点和12个差异突变位点,其中在S1区(1789aa)占比71.26%,中和表位区域有2个相同突变位点,线性表位区域有9个相同突变位点,2个受体结合域有25个相同突变位点。其S蛋白均具有信号肽(120aa),剪切位点为2021aa。S蛋白的二级结构主要是α-螺旋32.97%、β-折叠27.78%、β-转角8.59%和无规卷曲30.66%。遗传进化分析表明,13株PEDV均属于G2b类群,而我国现今常用的疫苗株CV777归属于G1a类群。说明当前PED在我国的流行趋势依然严峻,本次分离的13株PEDV与2010年前的野毒株以及现行疫苗株相比发生了较大的变异,因此需要引起相关猪场及检疫部门的高度重视,并及早采取措施以防止该病的大规模暴发。

• 单位
  华南农业大学; 人兽共患病防控制剂国家地方联合工程实验室