内源性绵羊肺腺瘤逆转录病毒env基因克隆与生物信息学分析

作者：王宇; 李建云; 武健; 刘淑英

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 1-13.

• 内源性绵羊肺腺瘤病毒
• env基因
• 克隆
• 生物信息学

本研究对内源性绵羊肺腺瘤逆转录病毒（endogenous jaagsiekte sheep retrovirus， enJSRV） env基因进行克隆、测序并利用生物信息学方法分析enJSRV Env蛋白的相似性、遗传进化、理化性质、糖基化位点、磷酸化位点、B 细胞抗原表位及其二、三级结构。实验获得了完整的enJSRV env基因序列，全长1836 bp，编码611个氨基酸。在env基因编码的TM区没有发现exJSRV所特有的“YXXM”基序，env基因属高度保守的基因。env基因序列与GenBank中已登录的enJSRV env基因序列相似性为98.7%～99.5%、推导氨基酸序列相似性为98%～99.5%。enJSRV env基因与GenBank中已登录的exJSRV env基因序列相似性88.3%～95.2%、推导氨基酸序列相似性为92.3%～93.8%。生物信息学分析结果显示，enJSRV Env蛋白表现为弱碱、亲水、不稳定蛋白；二级结构中以α-螺旋和无规则卷曲结构为主，三级结构同源建模成功，主要是螺旋和无规则卷曲；亚细胞定位Env蛋白主要分布在细胞内质网中，无信号肽，存在跨膜结构域；Env蛋白序列中存在 25个丝氨酸磷酸化，21个潜在苏氨酸磷酸化位点和5个酪氨酸磷酸化位点以及 4个糖基化位点；抗原表位预测显示，该蛋白含有多个B细胞优势抗原表位和多个优势 CTL表位。本研究结果为进一步阐释enJSRV Env蛋白在绵羊体内的生物学作用的研究提供新的思路。

• 单位
  内蒙古自治区综合疾病预防控制中心; 内蒙古农业大学