中土五行与生克五行是中医学理论体系的核心思想。目前该思想仍存在理论矛盾,即两种五行模式在应用中的关系矛盾;五行相生相克局限性的矛盾。文章通过梳理五行学说的嬗变,认为该理论矛盾根源在于两种五行模式的特性差异以及哲学和医学在研究范畴上的本质区别。中医学没有机械的内化五行学说,而是对之加以改造,使之符合医学的需求。只有明晰五行学说内涵和应用范围,才能在科研与临床中发挥更大作用。