基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒sfRNA亚型鉴定及遗传演化分析

作者：杨兴淼; 徐昊; 曹瑞兵^*

来源：畜牧与兽医, 2020, 52(09): 67-73.

• 日本脑炎病毒
• 基因型
• 亚基因组RNA(sfRNA)
• 亚型

旨在探究基因Ⅰ型和Ⅲ型日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)感染细胞产生的黄病毒亚基因组RNA(subgenomic flaviviral RNA, sfRNA)亚型与演化趋势。应用高分辨率Northern blot检测Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生sfRNA亚型特征;对美国国立生物技术信息中心(NCBI)收录的99条JEV sfRNA序列通过Mega X软件进行多序列比对及遗传演化分析,用Megalign软件进行核苷酸相似性比较及变异分析。结果表明:Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染细胞产生特征相似的4种亚型sfRNA;JEV sfRNA序列10 440、10 673、10 853位核苷酸差异具有基因型特异性(位点说明以JEV HEN0701为例,GenBank:FJ495189.1);Ⅰ型10 477位核苷酸的变化相较于Ⅲ型更有利于sfRNA PK1结构的碱基配对;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA组间核苷酸序列相似性为79.2%～100%,Ⅰ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为81.6%～100%,Ⅲ型sfRNA组内核苷酸序列相似性为85.6%～100%;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA核苷酸变异以碱基转换为主。本研究发现JEV sfRNA存在一定差异,但同种基因型sfRNA遗传距离接近,结果为揭示JEV基因型差异提供了新思路。