漆树EST-SSR引物开发

作者：李为民; 李思锋^*; 柏国清; 黎斌; 陈昊

来源：基因组学与应用生物学, 2018, 37(08): 3510-3515.

DOI：10.13417/j.gab.037.003510

• 漆树
• EST-SSR
• 多态性
• 引物开发

利用NCBI数据库进行漆树EST-SSR引物开发,从NCBI数据库中共下载漆树EST序列87 856条。利用MISA软件进行序列处理、拼接及聚类后,从87 856条漆树EST序列中拼接组装成3 979条非冗余序列,含SSR位点的EST序列出现频率占EST序列总数的4.5%,从3 979条非冗余序列中检测到487个SSRs微卫星位点,出现频率为12.2%。这些SSR位点中,三核苷酸和二核苷酸重复基元所占比例较高。采用Primer5.0软件,共成功设计50对EST-SSR引物,50对EST-SSR引物在25个漆树个体上均能扩增出清晰的电泳条带,其中18对引物检测出了多态性条带,扩增率达36%。

• 单位
  陕西省秦巴山区生物资源与利用工程技术研究中心