基于投入-产出理论,利用包络数据分析方法(DEA)对2016~2020年间我国31个省区市的投入产出绩效进行研究。研究结果表明:不同区域的高校科研绩效水平有明显差距,经济发展水平与高校科研绩效无必然联系,且五年间科研绩效水平呈现下降趋势。为进一步提高科研绩效水平,各地应加强创新成果与创新质量的提升,加强资源配置与内部管理水平,实现内涵式发展。