闭鞘姜叶绿体基因组特征及其系统发育分析

作者：吴永飞; 杨雪莲^*; 颜丽; 王霞; 胡小京

来源：种子, 2023, 42(04): 10-2.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.04.010

• 闭鞘姜
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 重复序列
• 系统发育分析

以闭鞘姜为试材，利用高通量测序技术对其进行叶绿体基因组测序、组装和注释，获得完整的叶绿体基因组。结果显示，闭鞘姜叶绿体基因组(GenBank No. OK 641589)大小为167 158 bp,具有典型的四分体结构，包括一个大单拷贝区(LSC,91 239 bp)、一个小单拷贝区(SSC,19 955 bp)和一对反向重复序列(IRa和IRb,各27 982 bp),总GC含量为36.3%;叶绿体基因组共编码了134个基因，包括88个蛋白质编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。闭鞘姜叶绿体基因组鉴定出50个散在重复序列以及70个简单重复序列(SSR),偏好使用AT结尾的密码子。系统发育分析表明，闭鞘姜与绿苞闭鞘姜(Costus viridis)的亲缘关系最为密切。

• 单位
  贵州大学