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摘要
悬钩子属植物具有重要的食用价值和经济价值，研究该属属内系统演化关系对于种质资源的保护与利用和遗传育种有着重要的意义。川莓(Rubus setchuenensis)和峨眉悬钩子(R. faberi)是蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus L.)两个形态非常相似且地理分布区存在重叠的物种，特别是有关峨眉悬钩子的形态和分子数据鲜有报道，给分类鉴定带来一定困难。本研究利用分子系统学的研究方法，对川莓(R. setchuenensis)和峨眉悬钩子(R. faberi)进行了叶绿体比较基因组学分析，并构建了基于叶绿体全基因组序列的系统发育树。结果表明：川莓和峨眉悬钩子的叶绿体基因组大小分别为156 295 bp,156 226 bp，呈现典型的环状四分体结构，且叶绿体基因组均有159个基因，其中包含27个蛋白质编码基因，10个rRNA基因和45个tRNA基因，GC含量均为37.2%。从川莓和峨眉悬钩子叶绿体基因组中可检测到49对长重复序列，均包含有16个正向重复序列和1个互补重复序列，但回文重复序列和反向重复序列在数量上存在少量的差异，其数量分别为21、23和11、9。在基因编码区筛选到matK、rps12、rpoC2、atpB以及ycf2 5种易发生变异的基因有望成为种间系统发育关系的DNA条形码。系统发育树结果显示，川莓与峨眉悬钩子构成姐妹类群，具有较近的亲缘关系。该研究结果有望为后期深入研究川莓和峨眉悬钩子分类鉴定和系统发育关系提供数据支撑。
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