基因组二代测序数据与三代测序数据的混合校正和组装

作者：马东娜; 张兴坦; 魏柳锋; 李仪莹; 钟伟民; 赵茜; 尤民生

来源：基因组学与应用生物学, 2018, 37(04): 1547-1555.

DOI：10.13417/j.gab.037.001547

• 第二代DNA测序技术
• 第三代DNA测序技术
• 混合校正
• 混合组装

第三代单分子测序是一种通量高、速度快、读长长的新型测序技术,但是和二代测序技术相比,这种测序方法因错误率较高而限制了其在各方面的应用。为了能有效的降低错误率、提高组装质量,本研究以拟南芥作为研究对象,通过数据模拟等生信手段比较评估了不同软件对三代测序的纠错效率以及在不同测序深度下的混合组装效果,以期找到最佳混合组装效果的测序深度及混装软件。通过比较四种混合校正软件PBc R、Lo RDEC、Jabba、Proovread对二代和三代数据的矫正效果。我们发现,Lo RDEC以最快的速度将核酸准确性从85%提高到99%,为评估软件中最佳选择。在Lo RDEC矫正结果的基础上,为了最大限度的节省测序成本,我们进一步分析了不同测序深度的二代（25×100×）和三代（20×50×）混合组装效果,以期找到成本最低、混装效果最好的测序策略。结果表明,混合组装软件DBG2OLC和三代组装软件canu能够产生更长的组装序列和更好的基因完整性。

• 单位
  福建农林大学; 农业部