浙江省丽水市一例输入性新型冠状病毒核酸复阳病例的全基因组序列特征

作者：叶碧峰; 王晓光; 梅建华; 叶灵; 倪晓媚; 曾永; 陈秀英^*

来源：国际流行病学传染病学杂志, 2021, 48(03).

• SARS-CoV-2
• 全基因组测序
• 输入病例
• 复阳

目的了解浙江省丽水市一例输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染核酸复阳病例的基因组序列特征及变异情况。方法采集该患者的咽拭子和深咳痰液样本, 对样本进行病毒核酸提取和实时荧光定量PCR检测, 采用高通量测序法对病毒基因组开展测序, 对序列进行比对和分析, 构建系统进化树, 鉴定特异性突变位点。结果获得长度为29 815 bp的SARS-CoV-2基因组序列, 覆盖病毒编码区全长。同武汉参考株(MN908947)序列相比, 存在13个核苷酸突变及一段19 bp长度的缺失, 13个核苷酸变异位点没有聚集性。该序列包含了D614G突变, 与我国国内本土病例相关性较远, 特征符合L基因型欧洲进化分支B.1.1特点, 不含有最近南非和英国报道的新型变异毒株的氨基酸关键性突变位点。结论该例SARS-CoV-2感染核酸复阳病例为西班牙输入病例, 病毒基因组序列属于L基因型欧洲进化分支B.1.1。