整体性治理理论与基层党建方式创新密切相关,运用这一理论分析漳州市的基层党建方式创新实践,能够发现基层党建方式创新过程中会面临一些困难:一些适应了原有党建方式的党员的反对;有人质疑新的党建方式的有效性;可能出现“人走茶凉”现象;跨地区协同问题。推进基层党建方式创新需着眼于提升基层党员适应基层党建新方式的能力;持续革新相关制度和机制;革新理念,凸显基层党建方式创新效能;强化基层党员的整体观、协同观,优化协同机制。