转录因子结合位点生物信息学研究进展

作者：侯琳; 钱敏平; 朱云平; 邓明华

来源：遗传, 2009, (04): 365-373.

• 转录因子结合位点
• 生物信息学
• ChIP-chip
• 位置权重矩阵
• 系统发育足迹分析法 transcription factor binding site(TFBS)
• bioinformatics
• position weight matrix
• phylogenetic footprinting

转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。

• 单位
  北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京大学; 蛋白质组学国家重点实验室