一株O139群霍乱弧菌产毒株全基因组测序及序列分析

作者：张荣秋; 温娟; 张建梅

来源：海峡预防医学杂志, 2022, 28(04): 49-51.

• 霍乱弧菌
• 基因测序
• 基因功能
• 生物被膜
• 毒力因子

目的 了解霍乱弧菌(Vibrio cholerae)O139群产毒株的基因序列，为霍乱基因组学研究提供资料，对可能发生的公共卫生突发事件提供依据和支撑。方法 利用Illumina Hiseq测序平台对1株O139群霍乱弧菌O139进行了全基因组测序，利用短序列组装软件SOAPdenovo2对基因组进行组装，利用Glimmer, GeneMarkS,Prodigal软件对基因组中的编码序列(CDS)进行预测基因和功能注释。结果 O139基因组大小为4.28 Mb, GC含量为47.6%,预测编码基因3 870个。在O139基因组中注释到3 422个基因具有直系同源蛋白簇分类，共查到88个tRNA和6个rRNA基因。与代谢通路相关基因2 775个，与生物被膜有关基因88个。与毒力相关基因441个。通过KEGG定位到RTX和CTX毒力相关基因簇。结论 霍乱弧菌O139携带多种毒力相关基因，对该菌致病性及环境适应性起到关键作用。

• 单位
  厦门市疾病预防控制中心