文章分析了我国当前部分高校院校二级预算体系运行过程中存在的问题,如院校二级财务预算编制流程不够科学,财务预算管理的独立性不足,当前预算执行过程中激励及监管机制不足等,针对问题提出高校院校二级预算体制创新策略,调整二级预算体系编制程序,建立二级财务预算管理编制体系和科学的考核机制及有效的财政预算监督管理体系,以此不断完善院校预算管理体系,提升高校财务管理效率。