虚拟原子探针随机采样法用于氨基酸结构描述及其构效关系研究

作者：周原; 梅虎; 杨力; 周鹏; 杨善彬; 李志良

来源：高等学校化学学报, 2007, (07): 1263-1266.

• 虚拟原子探针
• 分子表面随机采样法
• 氨基酸侧链表面势能场描述子
• 苦味二肽
• 血管舒缓激五肽
• 定量构效关系 Pseudo atomic probe
• Random sampling on molecular surface
• Amino acid side chain surface potential field descriptors
• Bitter tasting dipeptide(BT)
• Bradykinin potentiaing pentapeptide(BPP)
• Quantitative structure-activity relationship(QSAR)

考虑药物与蛋白质受体的3类非键作用模式,利用8类虚拟原子探针和MonteCarlo随机采样技术,得到了一套新的氨基酸侧链表面静电、立体及疏水势能场(ASSPF)参数.在此基础上对苦味二肽和血管舒缓激五肽进行了结构表征和QSAR研究,所建模型复相关系数R2和留一法交互检验复相关系数Q2LOOCV分别为0·8457,0·851和0·7688,0·7952,同时分析了肽链不同位置上氨基酸侧链对活性的影响,取得较好的结果.

• 单位
  化学生物传感与计量学国家重点实验室; 化学化工学院; 生物工程学院; 湖南工程学院; 湖南大学