由于过去严格奉行管理主义,行政检查中行政相对人的配合义务常被视为行政相对人的绝对义务,相对人对此几乎没有申辩、提出异议的权利。出现了行政相对人配合义务与享有权利不对等、配合义务数量和内容不明、义务履行缺少行政检查程序保障等问题。我国法律未将行政相对人配合义务作为一项独立的功能,但该义务又与行政相对人的基本权利息息相关。为完善我国行政检查中设定相对人配合义务的相关制度,应明确相对人的权利与义务,规范设定配合义务的启动程序、确定相对人配合义务的种类和数量、完善不履行义务的法律效果。