流域作为生态治理中的重点对象,在司法认定、生态正义、成本节约角度展开司法协作都有其必要性,以长江流域展开的生态司法协作工作已经取得一定成效。福建省作为全国首个生态文明先行示范区,应在流域生态治理中发挥示范作用。然而,在实践中却存在流域生态司法顶层规范缺失、参与主体受限、内涵界定不全、衔接配合不畅、监管力度不足等现实困境,需要从协作支撑、主体、内容、衔接、监管等方向寻找完善路径,进而改善九龙江流域污染现状。