非小细胞肺癌预后基因的筛选及鉴定

作者：王斌; 张亚萍; 牛丹; 陈思羽; 王紫玥; 马文霞; 魏荣; 王晨^*

来源：中国生物制品学杂志, 2020, 33(10): 1104-1110.

DOI：10.13200/j.cnki.cjb.003163

• 非小细胞肺癌
• 生物信息学
• GEO数据库
• 核心基因
• 分子靶点

目的筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)预后的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从公共数据库基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载NSCLC cDNA芯片集GSE19188、GSE101929、GSE40275、GSE18842,利用在线工具GEO2R对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,并用Venny取交集。基于DAVID数据库对DEGs进行GO(Gene Ontology)分析及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome)通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络。使用CytoHubba插件鉴定核心关键基因,并对其生存分析和表达检测。结果 4个cDNA芯片集中共筛选得到130个差异表达基因,包括53个上调表达基因和77个下调表达基因。这些差异表达的基因主要集中在胞浆和细胞外区域,所参与的主要是细胞周期调控、有丝分裂、微管运动相关信号。筛选出的处于核心地位的20个基因中,9个基因与肺癌患者预后显著相关,包括UBE2C、TTK、CEP55、ASPM、PRC1、CCNB2、CCNA2、CCNB1和CDC6。结论通过生物信息学分析,筛选出与正常组织相比,在NSCLC中异常表达的基因130个,并鉴定出其中与预后显著相关的9个核心基因,对进一步了解NSCLC发生发展的分子机制,筛选鉴定新的预后标记物及潜在性分子靶点具有积极意义。

• 单位
  山西医科大学第二医院