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摘要
目的从分子水平揭示原发性颅内室管膜瘤的发病机制,为临床诊疗提供新思路和新靶点。方法从公共基因芯片数据库(Gene expression omnibus, GEO)中下载室管膜瘤的相关基因芯片数据,其中原发性颅内室管膜瘤样本280例,正常脑组织样本45例;利用开源R软件中GEOquery, sva, limma, clusterprofiler等软件包、STRING在线数据库、Cytoscape软件等工具对原发性颅内室管膜瘤相关芯片表达信息重新整合并进行生物信息学分析。结果共分析筛选出1 680个原发性颅内室管膜瘤差异基因,其中上调基因383个,下调基因1 297个;对其进行生物信息学整合分析发现SYT1,VAMP2,DNM1,SNAP91,SH3GL2,AMPH,DNM3,TF,WNT5A和DNAJC6等10个核心基因以及突触信号调节、神经系统退行性疾病相关通路、MAPK信号通路等通路在室管膜瘤的发生发展中可能起着重要作用;发现Depsipeptide, Actinomycin D,BMS-387032,Homoharringtonine等药物与核心基因密切相关。结论利用生物信息学的方法能有效整合跨芯片平台并分析基因芯片数据以获取生物内在信息和潜在的治疗靶点,为下一步研究提供些有价值的线索。
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单位恩施市中心医院; 武汉大学人民医院
