本发明公开了一种采用铁燃料电池原位修复地下水硝酸盐污染的方法,其特征是构建双室铁燃料电池,阳极置于充满pH缓冲液的阳极室内,以缺氧环境下受硝酸盐污染的地下含水层为阴极室,阴极置于阴极室内,阳极和阴极之间以导线相连接,导线中串联连接电阻,盐桥的两端分别浸于阳极室和阴极室的溶液中。本发明构造简单,无需向地下水中投加有机碳源、微生物菌种和其它任何化学物质,操作维护方便、启动快、硝酸盐降解速率高、地下水污染修复周期短、建设投资和运行成本低、不产生二次污染。