肝癌细胞系PLC/PRF/5中染色质重塑蛋白ATRX表达的调控作用

作者：刘宏超; 梁俊波; 李光宇; 王晓月^*

来源：基础医学与临床, 2019, 39(06): 781-785.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2019.06.004

• ATRX
• RNA-seq
• ATAC-seq

目的探讨肝癌细胞中地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因(ATRX)对基因表达的影响及其可能机制。方法利用CRISPR/Cas9技术敲除PLC/PRF/5细胞中的ATRX。全转录组测序技术(RNA-seq)检测ATRX敲除前后的基因表达水平,并用DESeq2软件得出差异表达基因。最后利用转座酶可及性核染色质区域分析技术(ATAC-seq)对差异基因的染色质可及性进行分析。结果分析得到2 754个差异表达基因,其中MUC16和CXCL8均在ATRX缺失后表达显著上调(P<0.05),且两基因附近都存在升高的染色质可及性的区域。结论在肝癌细胞中,ATRX调控大量基因的表达,且可能直接参与了MUC16与CXCL8的抑制,为进一步研究ATRX在肝癌发生中的作用提供了新的线索。

• 单位
  中国医学科学院基础医学研究所; 北京协和医学院