在粤港澳大湾区建设和国家"双一流"建设的双重大背景下,基于投入产出视角,采用数据包络分析方法,测算2016—2019年粤港澳大湾区内8所高校的科研效率。结果表明:整体上看,8所高校的科研效率呈现上升趋势,最高效率水平达到1.393;具体来看,高校之间的科研效率存在较大差异,投入与产出并不一定成正比。基于此,为提升粤港澳大湾区高校的科研效率,提出应完善高校科研资源配置,建立多样化激励机制,转变科研理念和强化高校科研成果转化等相关对策建议。