人轮状病毒非结构蛋白2与宿主互作蛋白的筛选及分子对接研究

作者：林家锋; 胡思漫; 蒋卓婧; 赵微; 李永刚^*

来源：中华微生物学和免疫学杂志, 2023, 43(11).

• 轮状病毒
• 非结构蛋白2
• 互作蛋白
• 分子对接

目的筛选轮状病毒非结构蛋白2(nonstructural protein 2, NSP2)与宿主细胞的互作蛋白, 为抗病毒靶标的发掘提供理论依据。方法 NSP2-pGEX-6P-1重组质粒转化E.coli BL21(DE3), IPTG诱导表达, GST亲和层析法获得NSP2-GST纯化蛋白, Western blot进行验证。将NSP2-GST及GST纯化蛋白作为靶蛋白, 通过GST pull-down捕获与MA104宿主细胞互作的差异蛋白。经银染后, 将差异条带通过蛋白质胶内酶解及质谱法筛选出相应蛋白质, 借助Protein Pilot平台过滤肽段, 由Paragon算法获得蛋白质名称和相关的生物学功能。通过蛋白质互作网络图和GO功能注释分析, 展示互作蛋白间的潜在联系。同时, 利用HDOCK软件对排名前三的蛋白质进行分子对接预测, 结合对接分数和置信分数加以验证, 揭示蛋白质间的可视化对接模型。结果 SDS-PAGE和Western blot表明NSP2重组蛋白纯化成功。经GST pull-down联合蛋白质谱鉴定, 筛选出PKM2等10种可能与NSP2互作的宿主蛋白质;GO分析及互作图展示出RPS4X、EZR、SUPT16H、EIF2S3介导分子表达, PKM2、LDHA、ATP5A1参与能量代谢, HSP90、ACTB、ANXA2参与生物运动过程, 并且彼此之间存在功能联系及互作网络。分子对接显示出PKM2、HSP90、RPS4X与NSP2存在互作关系, 相互作用力强, 能够形成稳定结构。结论成功发现宿主细胞中PKM2、HSP90、RPS4X等蛋白质与NSP2存在互作关系, 为轮状病毒感染过程的探究及相关防控策略的制定提供参考。

• 单位
  基础医学院; 绍兴市疾病预防控制中心; 锦州医科大学