基于RNA-Seq技术分析氟康唑与环孢菌素A联合应用对生物膜态白念珠菌转录谱的影响

作者：班传伟; 张甲; 李刚; 刘晓明; 魏军; 贾伟

来源：中国病原生物学杂志, 2017, 12(02): 119-124.

DOI：10.13350/j.cjpb.170206

• RNA-Seq
• 氟康唑
• 环孢菌素A
• 生物膜
• 白念珠菌
• 耐药性

目的利用转录组测序技术(RNA-Seq技术)分析生物膜态白念珠菌不同处理组间转录谱的表达差异,寻找与白念珠菌生物膜形成、耐药等相关的功能基因。方法构建白念珠菌标准菌株的生物膜模型,将其分为生物膜态无处理组与氟康唑、环孢菌素A联合用药两个处理组,利用高通量RNA-Seq技术分析联合用药对转录组产生的影响,分析差异表达基因与生物膜形成、耐药等的相互关系,并对临床筛选的白念珠菌进行目的基因验证。结果通过产膜能力与药物敏感性试验筛选出8株与白念珠菌标准菌株产膜与药敏结果相同的临床分离菌株。测序分析显示差异表达基因共有522个,其中上调的差异基因有253个,下调的差异基因有269个。根据GO功能分类结果显示,这些基因主要涉及细胞壁、浆膜的合成,外排转运,免疫反应,菌相转换等功能;KEGG分析表明这些差异表达基因参与糖酵解,脂肪酸代谢,细胞因子受体相互作用,细胞分裂等信号通路。通过分析筛选出9个目的基因,利用临床分离株白念珠菌对目的基因验证,这些目的基因变化均与转录组结果一致。其中,als3,cdr1,cln1,cln2,rfg1,erg3,ddc1基因表达量呈不同程度的升高或降低,差异具有统计学意义(P<0.05);cpp1,efg1呈升高与降低,差异无统计学意义(P>0.05)。结论利用RNA-Seq技术初步分析得到与白念珠菌生物膜形成与耐药相关的几个基因,发现氟康唑与环孢菌素A联合用药抑制生物膜是一个多基因参与、多个生物过程协同调控的过程,从而为研发新型抗真菌药物提供了新的靶点,为临床合理使用抗生素药提供了依据。

• 单位
  宁夏医科大学; 宁夏医科大学总医院