乳腺癌lncRNAs表达谱的检测

作者：张霞; 宋志旺; 朱蕾蕾; 高勇; 董春燕

来源：同济大学学报(医学版), 2015, 36(06): 31-35.

DOI：10.16118/j.1008-0392.2015.06.006

• 乳腺肿瘤
• lncRNAs
• 芯片分析

目的初步探讨人乳腺癌lncRNAs基因表达谱的筛选。方法在EBI数据库中的Array Express子数据库选取两组代表乳腺癌基因表达的基因芯片数据,从一组数据下载原始CEL数据文件,运用RMA(Robust Multichip Average)方法对原始CEL文件进行标准化及背景校正。得到乳腺癌与癌旁组织中的探针表达谱矩阵,将其与Net Affx注释文件结合。提取出Ref Seq转录本ID和(或)Ensembl基因ID的探针集。对于Refseq ID的探针集,只保留那些NR者(代表非编码RNA)。对于Ensembl基因ID的探针集,只保留注释为LncRNA,加工过的转录本或"miscRNA"。对上述步骤得到的数据进行过滤,得到存在差异表达的lncRNA数量,将这一结果在另一组乳腺癌芯片数据中进行验证。结果共筛选出表达差异显著且方向一致的18个LncRNA,其中2种LncRNAs表达明显上调,16种LncRNAs表达明显下调。结论筛选出与乳腺癌相关的差异表达lncRNAs,为进一步研究其在乳腺癌中的作用奠定基础。

• 单位
  同济大学附属东方医院