基于GEO数据库筛选肺炎链球菌感染的关键基因和信号通路研究

作者：李静; 王书; 张颖^*

来源：江苏科技信息, 2022, 39(16): 46-51.

• GEO数据库
• 肺炎链球菌
• 生物信息学
• 差异表达基因

文章利用生物信息学分析方法筛选肺炎链球菌感染相关差异表达基因及相关信号通路，为防治肺炎链球菌感染提供新思路。从GEO公共数据库中下载GSE83612数据集矩阵数据，应用R软件limma包确定差异表达基因，应用Cluster Profiler对差异表达基因进行富集分析，运用STRING和Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质—蛋白质相互作用网络，筛选出参与肺炎链球菌感染的显著模块及枢纽基因。结果显示，筛选出325个DEGs(281个上调和44个表达下调),通过GO和KEGG富集分析，发现差异表达基因主要与干扰素反应、细胞因子活性、炎症细胞迁移、肿瘤坏死因子信号通路、IL-17信号通路等相关，通过Cytoscape软件及MCODE和cytoHubba插件，筛选出了重要模块和10个枢纽基因。文章获得的325个差异表达基因和10个枢纽基因可能是肺炎链球菌感染期间肺转录组中潜在的生物标志物。

• 单位
  合肥市第一人民医院; 安徽医科大学第三附属医院