金定鸭卵巢组织转录组SNPs和可变剪接分析

作者：朱志明; 缪中纬; 章琳俐; 李丽; 辛清武; 林顺东; 郑嫩珠^*; 黄勤楼

来源：中国家禽, 2020, 42(02): 11-16.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2020.02.002

• 转录组
• 金定鸭
• 卵巢
• SNPs
• 可变剪接

为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299 927 852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示,开产期共获得错义突变71 276个、无义突变153个、同义突变共287 148个,产蛋高峰期共获得错义突变65 620个、无义突变138个、同义突变共269 749个;位点区域统计结果显示,开产期外显子区域共获得401 030个SNPs、内含子区域共242 685个SNPs,产蛋高峰期外显子区域共获得362 557个SNPs、内含子区域共219 548个SNPs。影响统计结果显示,开产期共获得3 141个危害程度高的SNPs,294 815个危害程度低的SNPs和72 772个危害程度中等的SNPs。高产期共获得2 583个危害程度高的SNPs,276 568个危害程度低的SNPs和67 024个危害程度中等的SNPs。对开产期与产蛋高峰期进行可变剪接(AS)分类及差异AS分析。结果表明,SE事件最多涉及到15 419个基因,MXE涉及到1 601个基因,A5SS涉及到1 211个基因,A3SS涉及到1 740个基因,RI涉及到653个基因。进一步对差异AS进行显著性分析,开产期与产蛋高峰期显著差异的SE有1 085个基因,MXE有219个,A5SS有199个,A3SS有288个,RI有136个。研究结果为进一步完善蛋鸭的基因组信息提供基础数据。

• 单位
  福建省农业科学院