基于GEO数据库的脑卒中相关靶点挖掘及与瓜子金皂苷己分子对接研究

作者：付旭阳; 孙健淇; 郭裕; 杨淋斐; 刘泽儒; 贾晓山; 孙玲; 崔丽霞^*; 石瑞丽^*

来源：包头医学院学报, 2022, 38(02): 24-28.

DOI：10.16833/j.cnki.jbmc.2022.02.006

• 基因表达综合数据库
• 脑缺血再灌注损伤
• 靶点
• 瓜子金皂苷己
• 分子对接

目的:基于GEO数据库挖掘脑缺血再灌注损伤(Cerebral ischemia-reperfusion injury, CIRI)中的关键靶点，并通过分子对接探讨瓜子金皂苷己(Polygalasaponin F, PGSF)抗CIRI的作用机制。方法:选择GEO数据库中CIRI芯片，应用R语言分析芯片的矩阵文件，筛选表达差异靶点，对结果进行可视化处理；将差异显著的靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析，构建网络并根据拓扑参数筛选关键靶点。采用AutoDock Tools软件对PGSF与上述关键靶点进行分子对接，计算结合能。结果:通过GEO数据库筛选出CIRI差异表达靶点137个，在蛋白-蛋白相互作用网络中筛选得到关键靶点为：白细胞介素6(Interleukin-6, IL-6)、基质金属蛋白酶9(Matrix Metallopeptidase 9, MMP9)、CC型趋化因子配体2(C-C motif chemokine 2, CCL2)、细胞间黏附分子1(Intercellular adhesion molecule, ICAM1)和前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H synthase 2, PTGS2),PGSF与关键靶点对接得分为：-8.8、-7.3、-8.9、-7.9、-9.4 Kj/mol,说明PGSF可能与关键靶点结合，且具有较强的亲和力。结论:PGSF抗CIRI的作用机制可能与调控IL-6、MMP9、CCL2、ICAM1和PTGS2发挥抗炎、抑制血脑屏障破坏和减轻脑水肿有关。

• 单位
  内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院