内蒙古地区牛乳腺炎粪肠球菌临床分离株全基因组测序与生物信息学分析

作者：邢家辉; 锡林高娃; 吴金花; 王赞嘉; 代牡兰; 布日额^*; 石竞楠

来源：中国病原生物学杂志, 2021, 16(12): 1409-1413.

DOI：10.13350/j.cjpb.211210

• 牛乳腺炎
• 粪肠球菌
• 全基因组
• 测序

目的 对内蒙古地区奶牛乳腺炎临床分离粪肠球菌(Enterococcus faecalis)的基因组进行测序，并预测和分析其生物信息学特征。方法 本实验以“内蒙古自治区乳源性致病菌防控工程技术研究中心”分离的粪肠球菌临床分离菌株FC(BME1708)为对象，利用PacBio RS II平台进行全基因组测序，分别使用RNAmmer和tRNAscan-SE软件对菌株基因组中的rRNA和tRNA进行预测，并对测序基因序列进行数据分析、基因注释、耐药性及毒力因子分析。结果 测序组装后结果显示，该菌株基因组大小为2 934 454 bp,其中包含5个双股环状质粒DNA、61个tRNA、12个rRNA,蛋白总数为3 151个。耐药性及毒力因子基因预测结果显示，该菌株对庆大霉素、链霉素、β内酰胺、青霉素、四环素、万古霉素等27类抗生素耐药，存在cyl、esp、ace、gel、efaA等82个相关毒力因子。结论 已将本次分离的粪肠球菌基因组测序结果登录于GenBank(登录号：CP028835.1),该实验结果将为后续致病及免疫调控机理研究，以及防控策略的制定提供了可靠的生物信息数据。

• 单位
  内蒙古民族大学