枣GH3基因家族的鉴定与表达分析

作者：付鸿博; 于斯嘉; 袁盛勇; 李杰; 杨永超; 岳龙; 罗振兴

来源：经济林研究, 2021, 39(04): 25-32.

DOI：10.14067/j.cnki.1003-8981.2021.04.004

• 枣
• GH3基因
• 启动子分析
• 表达分析

【目的】为了对枣GH3基因家族进行全面分析并对家族成员的功能进行研究。【方法】本研究对枣GH3基因家族进行鉴定并对其理化性质、基因结构、启动子元件、表达模式等进行了系统分析。【结果】基于枣基因组数据共鉴定得到19个枣GH3基因家族成员,每个家族成员均包括了GH3蛋白保守结构域,编码氨基酸长度在149～629 aa。等电点在5.21～8.90,不稳定系数范围在34.34～56.54,大部分成员为酸性的稳定蛋白均被定位在细胞质上。二级结构表明α-螺旋和无规则卷曲占比最高。系统进化树分析将19个枣GH3基因分成了3大类,每个类别中所包括的枣GH3基因家族成员数量差别不大。通过分析基因信息和蛋白特征发现motif3和motif6保守度最高,基因结构都较为简单,包括2到5个外显子且均有UTR组成。启动子元件分析表明,枣GH3基因可能受光照、茉莉酸甲酯和无氧诱导等多种因素的调控。染色体定位表明,19个ZjGH3基因中有4个(ZjGH3-16、ZjGH3-17、ZjGH3-18和ZjGH3-19)未被定位到枣的12条染色体上,其他的15个家族成员被定位到枣的Chr4、Chr8、Chr9、Chr10、Chr11和Chr12染色体上,同时分析到有8对基因存在基因复制事件。通过分析ZjGH3基因在‘壶瓶枣’果实发育期的表达情况表明,可将19个ZjGH3基因分成3大类,分别为在H1(白熟期)表达量最高、H2(半红期)表达量最高和H3(全红期)表达量最高。【结论】本研究共鉴定出19个枣GH3基因,其中ZjGH3-16和ZjGH3-17在果实发育中起重要作用。

• 单位
  红河学院